일반적으로 리눅스의 경우 아파치 서버를 윈도우의 경우 IIS서버를 사용합니다.
일반 홈페이지를 방문하는 사용자의 경우 그 차이를 느낄 수 없지만 서버를 이용할 경우 분명한 차이점이 존재합니다.
우선 리눅스의 경우 OS비용이 들지 않습니다. 그만큼 초기 운영비용이 적으며 윈도우의 경우 OS비용문제로 가격차가 발생하는 것 입니다.
또 한가지 스크립트 지원 여부입니다 윈도우의 경우 ASP를 리눅스의 경우 PHP를 지원하게 됩니다. ASP를 배운 사용자라면 윈도우서버를 이용하게 되겠지요.

마지막으로 지원되는 SQL 종류가 틀립니다 윈도우의 경우 MSSQL을 리눅스의 경우 MySQL을 사용하게 됩니다.  이외에도 많은 차이점이 있습니다만 대표적이 차이점에 대해서만 설명을 드렸습니다.